Usando el estudio de la lingüística, se puede aproximar al origen del nombre. «Iquitos» es una construcción plural castellanizada de «ikito», debido a que originalmente se llamó «Caserío de Iquitos». La palabra iquito contiene el prefijo ik-, que significa río, laguna, pozo, aunque también significa separación, lejanía. Etimológicamente, al combinar las dos acepciones, se obtiene: «Multitud separada por las aguas».14​ Por otro lado, de acuerdo al libro Sachachorro del escritor César Augusto Lequerica Delgado, el nombre en idioma iquito se traduce a «ardillas», y proviene de la familia lingüística záparo.

La población iquito ocupaban originalmente las orillas del río Nanay y los tributarios, el río Blanco y Chambira. Posteriormente migraron desde el río Tigre hasta el río Napo. Estaban divididos en tres sub-tribus: Los Iquitos propiamente dichos, los Maracanos y los Auves. Más tarde, fueron concentrados en la temprana reducción española «San Pablo de Nuevo Napeanos» junto a los napeanos (yameos). Con el tiempo, los napeanos abandonaron la reducción, y quedó habitada principalmente por Los Iquitos. Para finales del siglo XVIII, el asentamiento ya era conocido como «el caserío de Iquitos».

En el presente, los iquitos viven asentados en pequeñas comunidades a lo largo de los ríos: Nanay y su afluente el río Pindoyacu, en el Perú y Ecuador. Según el Censo Nacional de 1993, la población de esta etnia ascendía a 234 habitantes.